داستان این فیلم پس از اتفاقات قسمت اول جریان دارد که در پایان آن مشاهده کردیم که گلرت گریندل‌والد با کمک نیوت اسکمندر دستگیر شد. با این حال ، گریندل‌والد موفق شده از زندان فرار کند و در حال جذب طرفداران بیشتری برای خود است. داملبدور در تلاش است تا برنامه‌ها و نقشه‌های گریندل‌والد را خنثی کند و در این راه کمک نیوت اسکمندر ، شاگرد سابقش در مدرسه هاگوارتز را قبول می‌کند. اما این ماموریت ساده‌ای نخواهد بود و آنها از خطراتی که این ماموریت دارد ، آگاه هستند و…
قسمت دوم این فیلم به بررسی صلح پیچیده بین پری شاخدار و ملکه ی جدید می پردازد که اکنون نیاز به اتحاد جدیدی برای مواجهه و مبارزه با دشمنان جدید و محاظفت از گیاهان و موجودات جادویی که در آنجا ساکن هستند دارند و…